碧蓝航线
碧蓝航线
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原由四个势力：白鹰、皇家、铁血、重樱组成的人类同盟与塞壬战斗，尽管组织主张“通过人类科学技术和自然力量来击破赛壬”，但由于理念分歧，使铁血和重樱脱离并成立“赤色中轴”，与碧蓝航线进行战争。
原型为第二次世界大战的同盟国。
白鹰
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重视自由与科学的联邦制国家，拥有雄厚的工业实力、发达的科学技术以及各势力中最优秀的航空武器。武器的设计理念兼顾性能与数量。目前基于贯彻自身正义和为世界带来和平的理念留在碧蓝航线，在与赤色中轴和塞壬的战斗中有着活跃的表现。
原型是美国。
皇家
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碧蓝航线世界观中造船经验最丰富的海洋国家，采取君主制度。在军舰设计上致力于取得最佳的平衡性能，海军实力雄厚，并讲究礼仪，注重优雅与实力并存。皇家为了捍卫皇家的荣耀，夺回人类的制海权，目前依然留在碧蓝航线阵营，参与对塞壬和赤色中轴的作战行动。
即使原型是英国，但除此之外，游戏中还有包括加拿大、澳大利亚、新西兰等大英帝国自治领（现英联邦王国）所建造过的船舰。
东煌
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存在于东方大陆的国家，在铁血与重樱退出碧蓝航线后新加入的国家。在海军的发展上资历颇浅，与相邻的重樱是对立关系。
原型是20世纪前半的中国。包括有清朝的北洋水师(甲午战争后重组版)、从辛亥革命到二战的中华民国海军与东北海军、以及二战期间由苏联建造，战后让渡给中华人民共和国海军的船舰。
北方联合
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存在于大陆北方的共产主义国家，提倡集体主义与对社会的贡献，拥有坚定的目标和达成目标所需的无畏的勇气。北方联合将几乎全部舰队调往极地地区，很少参与碧蓝航线阵营内的联合进攻，目前除了已知北方联合还在极地与塞壬作战外，其余情报尚不明确。
原型是苏联，但其中有些舰船是属于沙俄时期留下来的舰船，或者是来自他国的战利舰。
自由鸢尾
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原是宗教国家鸢尾的海军组织，因为反对维希教廷与铁血融合的政策，在鸢尾分裂后归属碧蓝航线阵营。自由鸢尾的成员原本从属于鸢尾的海军军事组织“护教骑士团”，目前以重建自己的国家为目标而奋战着。
原型是自由法国。
郁金王国
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2025年04月24日新加入的阵营，以荷兰王国为原型。
赤色中轴
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由铁血首先独自建立，在重樱背离碧蓝航线后组成的军事同盟，主张“利用赛壬的力量提升人类的发展与革新来反攻赛壬”，与反对使用赛壬技术、主张应纯粹使用人类的力量对抗赛壬的碧蓝航线是对立状态。
原型为第二次世界大战的轴心国。
铁血
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以强大军力与高度的科学技术为主的军事独裁国，拥有众多优秀的科学家，在与塞壬的战争中获得了大量技术，并着眼于对这些技术的进一步开发，这使得铁血的人工智能控制技术和生物工程技术遥遥领先于其他势力。退出碧蓝航线阵营后，铁血一度处于消息不明的状态，现在则是作为赤色中轴阵营的成员而活跃。因为采用赛壬技术的缘故，舰装的外形多半呈现出了异形化的姿态。
原型是德国，游戏中包括了纳粹德国船舰，为了回避历史争议而采用了德意志帝国的标志。
2023年3月23日，与“重樱”类似，中国大陆服“铁血”阵营全部舰船更名，且部分舰船原名被改为禁止发送的敏感内容。
重樱
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位于极东的君主制国家，为游戏章节中的主要敌对方。与同样采用塞壬技术的铁血不同，认为塞壬的强大是来自肉体，因此揉合了自身的精灵信仰与观念，使登场的船舰都具有兽耳、尾巴、角等人外造型。和身为海洋强国的皇家不同的是，重樱的战斗经验虽然主要还是集中在重樱群岛周边的作战，但以东洋神秘的力量所构成的舰队迅速壮大了自身实力，在短时间就拥有了可以和白鹰等列强分庭抗礼的战力。
原型是大日本帝国。
在日文版中以敌方身份登场时舰名会使用片假名标示，在中国大陆服务器中为了回避历史争议而改用单一汉字来命名，基于同理，重樱系的舰载机原有的日章图案都会用红色漩涡图案代替。
维希教廷
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从宗教国家鸢尾中所分离出的一股势力，现在作为赤色中轴阵营的一员而活动着。维希教廷原本同样从属于鸢尾的海军军事组织“护教骑士团”。
原型是维希法国。
撒丁帝国
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悠久的历史与绚烂的艺术，相比军事实力，撒丁帝国对于自身的文化传承拥有更深的自豪感。海军军事组织为禁卫军。虽然元老院内部的声音一直没有统一，但是事实上来说，撒丁帝国已经成为了赤色中轴的一员，走向了与碧蓝航线不同的方向。
以意大利王国为原型的国家。
飓风
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不属于赛壬、碧蓝航线，以及赤色中轴的阵营，阵营特色走的是海盗风。
塞壬
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游戏中登场的全人类之敌，被重樱登场船舰称之为“神”的存在。人类在联合组成碧蓝航线经过漫长的战争才勉强将其逐出人类的生活圈外，讽刺的是因为碧蓝航线的成员对其遗留的技术与战斗方针的不同，而放弃原先建立碧蓝航线的宗旨，造成了碧蓝航线分裂：铁血与重樱另立赤色中轴与碧蓝航线的阵容展开内战，更为讽刺的是原为敌方的赛壬正暗中观察著两方的争斗，令原本已经差的战况更为糟糕。
META
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在2018年1月的活动“坠落之翼”的剧情中出现第一个META舰船——企业·META，但此时游戏世界观尚未完善，因此仅以“企业”称呼该角色[23]。
2019年7月的活动“箱庭疗法”中，第一次出现“余烬”一词，但并未明示该词指代一个组织。到了2020年3月活动“微层混合”，才将“余烬”归类为组织，但META一词仍未出现。2020年底“大型作战”开放之后，才出现“META”一词[24]。
在“大型作战”的剧情档案中，游戏介绍了META舰船的来源，当舰船的本质向着被称为“元”的方向发展时，就会让普通舰船变为META舰船[25]。舰船的心理状态发生急剧变化，或者受到一定的外界影响，都会导致这种变化。