2019冠状病毒病疫情
SARS-CoV-2的穿透式电子显微镜影像
主条目：2019冠状病毒来源争议
2020年1月1日，中国疾病预防控制中心在武汉华南海鲜市场采得样本后，在1月7日发表检验结果，表示“不明原因的病毒性肺炎”病原体初步判定为新型冠状病毒[73][74]。
1月21日，中国科学院上海巴斯德研究所和中国科学院植物生理生态研究所合成生物学重点实验室等机构在《中国科学：生命科学》期刊上发表报告，指病毒属于乙型冠状病毒属（Betacoronavirus）。乙型冠状病毒属是蛋白包裹的正链单股RNA病毒，能够寄生和感染人类和其他高等动物。在进化树的位置上，与SARS病毒和类SARS病毒的类群相邻，但并不属于SARS和类SARS病毒类群[75]。
2月3日，《自然》杂志刊登武汉病毒研究所石正丽团队的论文披露，在2013年，武汉病毒研究所石正丽团队在云南一山洞里采集的菊头蝠样本，发现了冠状病毒RaTG13，严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2在整个基因组中与RaTG13病毒有96.2%的一致性[76][77]。
2020年2月16日到24日，世界卫生组织（世卫，WHO）专家与中国官方于合作调查后，发布调查报告“Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)”，公布与新冠病毒基因最相近是ZC45病毒与ZXC21病毒，这是中国军事研究单位全球独家发现的病毒。 [78]但许多病毒学家表示ZC45与ZXC21和SARS-CoV-2的序列差异大于10%，约有3500个碱基不同。[79]
2020年4月，诺贝尔医学奖得主、艾滋病病毒发现者吕克·蒙塔尼耶接受法国医学媒体采访时表示，他们用数学模式对病毒基因研究得出的结果，确认了印度学者提出的新冠病毒带有HIV基因的发现[80]。他认为，该病毒上所具有的艾滋病病毒基因只有可能是在实验室实现，其传播是中国科学院武汉病毒研究所在开发艾滋病疫苗时意外泄露所导致[81]。
2024年12月2日，美国众议院新型冠状病毒大流行特别小组委员会（英语：House Select Subcommittee on the Coronavirus Pandemic）发表一份520页的报告，经过两年的调查，该小组委员会得出新型冠状病毒可能从中国实验室泄漏出来的结论[82][83]。
2025年1月25日，美国中央情报局根据调查结果公布文件显示，COVID-19病毒很可能源自中国科学院武汉病毒研究所，并从该研究所的实验室泄漏。中央情报局局长约翰·雷克里夫表示根据掌握的情报、科学及常识，全都显示COVID源自武汉病毒研究所发生泄漏[84][85]。
2025年2月3日，美国政府效率部负责人埃隆·马斯克在社交平台X上指控美国国际开发署使用美国纳税人的资金，支持中国科学院武汉病毒研究所用于研究“蝙蝠冠状病毒突变”，导致新冠病毒直接或间接产生。同时指控美国中央情报局通过美国生态健康联盟（英语：EcoHealth Alliance）全程直接或间接参与了中国病毒研究所的新冠病毒的研发，因此有欺骗公众病毒的来源的嫌疑[86]。另据报道，在埃隆·马斯克提出该指控的同时，一张疑似美国政府内部文件的照片在X上疯传，其内容显示在2019年，美国国家过敏和传染病研究所的所长、疫情期间担任白宫冠状病毒工作组“事实上”的发言人安东尼·佛奇与美国国际开发署通过美国生态健康联盟（英语：EcoHealth Alliance）和加州大学戴维斯分校向中国武汉的一名科学家提供了超过4000万美元用于该研究，且该中国科学家随后被指为“零号病人”[87][88][89]。
2025年3月12日，德国多家传媒报道，德国联邦情报局根据中国研究机构的科学数据等资料，在2020年就研判新冠疫情的起因很有可能是中国科学院武汉病毒研究所的事故，确定几率高达80%至95%。情报显示武汉病毒研究所的实验存在风险，而且有大量违反安全规定的操作[90][91]。
2025年4月，白宫以实验室泄漏是Covid-19的真实起源为题发布报告。[92]
原发病例（零号病人）
编辑
中国官方数据显示，首位前往医院就诊的患者于2019年12月8日发病、12月12日前往武汉市优抚医院就诊[93][94]。2020年1月14日，黄朝林等人在《柳叶刀》期刊发布的论文指，在当时已有患者中最早出现症状的病例可以追溯至12月1日[20][95]。2020年3月13日，香港《南华早报》引述消息来源表示，首宗感染病例发病时间是2019年11月17日[96]。
病毒媒介来源
编辑
参见：严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2流行病学溯源
2020年
编辑
学界就病毒的自然疫源尚无定论。中国科学院上海巴斯德研究所[97][98]、中国科学院西双版纳热带植物园、华南农业大学和北京脑科中心研究团队[99]等认为病毒的自然宿主可能是蝙蝠；华南农业大学沈永义团队[100][101][102]、香港大学管轶、广西医科大学胡艳玲[103][104]等则认为穿山甲可能是潜在的中间宿主。亦有学者认为病毒自然宿主可能是蛇[105]，但受到广泛质疑[106][107][108][109]。
2021年
编辑
世卫在2021年3月30日周二发布了国际科学家团队对于新冠病毒源头的研究报告[110][111]。
中国—世卫新冠溯源联合专家组在武汉进行的溯源调查报告[110]：联合国际小组就每个领域提出了一系列建议，并在此过程中评估了病毒传入不同途径的可能性。对四种情况进行了研究考虑到现有的科学证据和发现，研究小组对新冠病毒引入人类4种传播途径的可能性进行了定性风险评估，并用“极不可能”“不可能”“可能”“比较可能”“非常可能”5个层级评价。评估结果如下：[112]
人畜共患的直接蔓延被认为是一种从可能到比较可能的途径。
通过中间宿主引入被认为是一种从比较可能到非常可能的途径。
通过冷藏/食物链产品传入被认为是一个可能的途径。
通过实验室事件引入被认为是一种极不可能的途径。
通过实验室泄漏引入被认为是极不可能的途径。
通过其他国家投放病毒事件引入被认为是极不可能的途径 。
但世卫组织总干事谭德塞对这份备受关注的报告公开表达了担忧[113][114]。该报告也引发了外界质疑。报告中称，新冠病毒“非常可能”是通过另一种中间动物宿主从蝙蝠传播给人类的，但是科学家们认为，目前没有足够的证据来确定具体物种。专家团队还认为，许多早期病例与华南海鲜市场没有明显联系，可能表明华南海鲜市场不是疫情的最初源头，但关于该市场在疫情起源中的角色以及疫情是如何传入市场的，目前还没有定论。由于相当一部分武汉早期病例都有华南海鲜市场暴露史，这个位于武汉闹市的大型市场一直被怀疑是疫情的最初爆发地[114]。西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心（Fred Hutchinson Cancer Research Center）的进化生物学家杰西·布鲁姆（Jesse Bloom）表示，在看过报告副本后，他并不信服“实验室泄漏极不可能”的说法。他同意病毒可能会以自然进化的方式传播到人类，这种情况非常合理，但他在报告中没有看到任何排除实验室泄漏可能性的理由[115]。相信实验室外泄病毒假说推论的依据，最重要的原因就是：找不到中间动物宿主；突然暴发的人畜共通传染病毒，人类受感染前必定在动物间先流传，甚至流传上百上千年，才在某次偶然下感染人类造成人传人。新型冠状病毒传染力之强，人类将SARS-CoV-2 病毒传给其它动物的报告案例极多（核酸检测验出来的有水貂，猫，老虎，仓鼠，兔子和蝙蝠等），野生带天然病毒的中间动物宿主却找不到。中间动物宿主至少要符合两项特征：武汉市最早的个案有机会接触到中间动物宿主；中间动物宿主身上能验出来非常接近SARS-CoV-2的病毒（相似度99%以上）。在溯源报告中，专家小组发现，许多早期病例与华南市场没有明显联系。根据报告中引用的供应商记录，该市场销售梅花鹿、鼬獾、竹鼠、活体鳄鱼，以及其他动物[115]。从武汉华南市场的所有动物检体，附近牛羊猪鸡等家畜家禽，野生动物，扩及其它省份，检测结果都是阴性。最早推测是穿山甲和蛇，但基因序列差异新型冠状病毒太远，武汉附近没有出产穿山甲，而且在原产地（比方马来西亚的穿山甲）的野生品种也验不出相似病毒。而蛇不是哺乳类，违背了冠状病毒只在哺乳类和鸟类出现过的原则。所以科学界不认为穿山甲和蛇是SARS-CoV-2 病毒的中间宿主。关于从原生宿主蝙蝠直接传播给人类途径的推论，溯源报告中流行病学的时序地图，是由市中心向外辐射爆发开来，不是由市郊。当地没有人吃蝙蝠，也没有人卖。冬天武汉平均10度以下，疫情开始前就算有蝙蝠，也已经冬眠了[116]。报告中在湖北抓了一千多只蝙蝠，统统没验出新冠病毒。目前研究里最接近的RaTG13和RmYN02两只病毒演化支，还是远在云南蝠蝙身上采集到的，基因上和SARS-CoV-2存在4-7%的差异，不可能跳到人身上后就100%变化完成。现有种种证据，不支持病毒直接由蝙蝠传到人类身上的假说。[117][106][108][118]
6月8日晚，中华人民共和国国家卫生健康委员会在微信公众号“健康中国”发布原题为《世卫组织召集的SARS-CoV-2全球溯源研究：中国部分——世卫组织-中国联合研究报告》全文并受到媒体转发，披露联合专家组在武汉病毒所现场考察时的详情[119]。文中武汉病毒所的科学家驳斥实验室泄漏的说法[120]。
2022年
编辑
6月，世界卫生组织国际科学家工作组表示，由于中国报告中存在的信息空白使其难以确定疫情出现的时间地点，需要更多的中国数据来研究新冠病毒的起源，不排除实验室泄漏也是因素之一[121]。
7月，美国权威杂志《科学》公布的两项研究得出的结论是，新冠大流行病始于中国武汉市的市场，研究指出该病毒极可能来自于动物[122]。
9月15日，发表于《柳叶刀》杂志的一篇文章称，病毒有从美国实验室泄露的可能性，理由是"独立研究机构并未能够调查美国实验室，美国国家卫生院“拒绝透露其对SARS-CoV相关病毒研究的细节”（英语：“independent researchers have not yet investigated” U.S. laboratories, adding that the National Institutes of Health has “resisted disclosing details” of its research on SARS-CoV-related viruses.）[123]。该说法被一些病毒学家称为“这可能是柳叶刀杂志最为可耻的时刻之一”[123]。
2023年
编辑
3月，法国国家科学研究中心的进化生物学家搜索GISAID公共数据库时，发现2020年1月从中国武汉华南海鲜批发市场收集的样本序列，国际研究人员对数据分析，发现含有冠状病毒的样本还含有来自动物的遗传物质，包括貉。世界卫生组织指，相关数据于1月下旬由中国疾病预防控制中心上传至国际病毒数据库GISAID，来自市场的基因样本最近被上传到一个国际数据库，有关数据之后被删除。 [124][125]在数据被删除前，多个国家的科学家已经将其下载并展开分析。世卫组织总干事谭德塞称，在得知有这些数据存在后，世卫组织立即联系了中国疾病预防控制中心敦促其将数据分享给世卫组织和国际科学界以供分析。并于3月14日召集了新型病原体溯源科学咨询小组要求中国疾控中心的研究人员和多名国际科学家向其提交有关这些数据的分析结果。指“这些数据并不能为大流行是如何开始的问题提供明确的答案，但每一项数据都很重要，可以让我们更接近这个答案。”[126]
原发疫源地
编辑
最初，武汉华南海鲜批发市场被认为是SARS-CoV-2病毒的发源地，但仍有存疑
政府及社会在疫情最初期曾普遍相信位于湖北省武汉市的华南海鲜市场是新型冠状病毒发源地[127]。但进一步的研究结果则认为华南海鲜市场并非疫情发源地[20]。黄朝林等在《柳叶刀》期刊发布的论文指，当时认为属首例的、12月1日发病的2019冠状病毒病患者没有去过武汉华南海鲜市场，最初入院的41个确诊个案中有13个与华南海鲜市场无关，故认为华南海鲜市场并非疫情原发疫源地，但认为武汉市可能是疫情发源地[20]。
2月20日中国科学院西双版纳热带植物园等机构发布的论文预印本基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播，亦佐证了华南海鲜市场并非疫情原发疫源地的观点，并且认为武汉可能是疫情发源地[99]。
另一方面，何大一[128]、西莫·加利（英语：Massimo Galli）[129]、朱塞佩·雷穆齐（意大利语：Giuseppe Remuzzi）[130]等人认为武汉市为疫情来源地。钟南山认为没有证据表明疫情源头在武汉，疫情发生在武汉，不等于源头在武汉[131]。彼得·福斯特[132][133]、科林·伦福儒[132][133]等则认为没有证据表明疫情源头在武汉，但有95%几率可能来源于广东省[134]。
曹彬等认为该病毒的实际来源尚不明确，仍需进一步研究[135]。丹尼尔·露西（英语：Daniel R. Lucey）在《科学》中指出，对动物及其供应商的血液样本、确诊患者的血液样本进行回顾性分析可能会揭示严重急性呼吸综合征冠状病毒2的起源地[135]。
2020年4月，英国剑桥大学遗传学家彼得·福斯特（Peter Forster）团队4月8日发表于《国家科学院学报》的论文，分析160个来自世界各地的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）基因演化网络，发现有A、B、C三种变异体，其中较原始的A型病毒，主要流行在美国与澳大利亚，武汉则多为B型，而C型由B型病毒变异，出现在欧洲的早期病例，三种变体均和武汉发现的毒株在遗传学角度相关联[136]。福斯特认为，据SARS-CoV-2病毒的变种速度推算，该病毒有95%机会在2019年9月中旬已经在中国南方的广东出现，其后变种在武汉造成大流行[137]。但目前没有数据显示，广东省在2019年下半年，曾出现类似严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的不寻常病例。[138]
2020年5月，法国东北部科尔马市阿尔贝·施魏策尔医院（Albert Schweitzer hôpital）在2020年5月7日发布新闻稿称该院的米歇尔·施米特医生与他的研究团队检查了2019年11月1日至2020年4月30日拍摄的2456张胸部X光片，发现第一起和2019冠状病毒病（COVID-19）的X光片相似的案例发生在2019年11月16日。施米特医生认为该地区在11月有非常零星的病例发生，到2月底进展缓慢，直到2月最后一周在米卢斯（Mulhouse）的宗教集会上感染案例飙升，再到3月31日达到峰值。但这项研究并未公开具体细节，仅为初步研究，结果仍需讨论。医院已经表示将会对这项研究计划提供更多支持，包括使用生物学数据和住院报告进行深入研究[139]。
医学期刊《国际抗菌剂杂志》2020年5月3日刊登题为《SARS-CoV-2 was already spreading in France in late December 2019》的论文。研究人员选取14个2019年12月2日至2020年1月16日期间流感疾病（ILI）重症监护室病例，于4月6日至9日重新进行新型冠状病毒核酸检测，发现一名42岁男子的样本呈阳性，该病例与中国缺乏关联，且最后一次国外旅行是在2019年8月去阿尔及利亚，在发病前没有外国旅行史。本文认为法国低估了SARS-CoV-2的流行性，在2019年12月下旬此病毒就可能已经在法国传播，且由于无症状感染者占据总感染数字的18-23%，说明在2020年1月有相当数量的无症状感染者没有检出[140]。
2020年6月26日西班牙巴塞罗那大学发布公告称，该校领导的一个肠道病毒小组的研究人员对当地废水样本做了检测，结果发现在2019年3月12日采集的废水中已有SARS-CoV-2的踪迹，此前该小组的研究人员已在2020年1月15日的废水样本中检测到了严重急性呼吸综合征冠状病毒2的存在[141]。但此项研究的相关结果遭到不少科学界人士的质疑。西班牙公共卫生与卫生行政管理协会的琼·拉蒙·比利亚比（Joan Ramon Villalbi）博士认为得出明确的结论还为时过早。他说：“当只是一个结果时，应该要更多的数据，更多的研究，更多的样品来确认并排除实验室错误或方法学问题。”由于该病毒与其他呼吸道感染的相似性，有可能导致假阳性[142]。巴塞罗那大学引述研究领导人阿尔伯特·波希（Albert Bosch）表示：“样本中新型冠状病毒的含量低，但却是阳性。”这项研究已送交同侪审查[143]。
2020年7月2日，巴西14位圣卡塔琳娜联邦大学（英语：Federal University of Santa Catarina）的研究人员联名发布《2019年11月巴西圣卡塔琳娜下水道发现严重急性呼吸综合征冠状病毒2》[144]的研究报告，他们在对巴西圣卡塔琳娜州首府弗洛里亚诺波利斯市2019年10月到2020年3月期间的下水道水样分析中发现，2019年11月份的下水道水样中存在严重急性呼吸综合征冠状病毒2。这一发现比美洲大陆官方宣布的第一例2019冠状病毒病确诊病例，2020年1月21日美国确诊第一例2019冠状病毒病病例早两个月，比巴西政府宣布的2020年2月底出现的2019冠状病毒病确诊病例早了三个月[19][注 6]。
2020年9月[注 7]，英国某研究项目发现，2019年年底SARS-CoV-2或已在全球传播，并且仍在反复发生突变以不断适应其人类宿主。这项研究名为“Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2”，发表在国际医学期刊《感染、遗传学和进化》（Infection, Genetics and Evolution）上。研究团队主要来自伦敦大学遗传学研究所，通讯作者为该所研究员弗朗索瓦·巴卢。研究指出，从系统进化估计来看，SARS-CoV-2大流行开始的时间大概在2019年10月6日至2019年12月11日之间，这也大概是其从自然宿主进入人类社会的时间[17]。
2020年11月11日，据米兰国家肿瘤研究所（意大利语：Fondazione IRCCS Istituto nazionale dei tumori）发表的一项研究，研究人员在2019年9月至2020年3月参加肺癌筛检人士身上取得的959个血液样本中，寻找SARS-CoV-2棘突蛋白受体结合区特定抗体。结果显示，意大利在2019年9月采集的居民血液样本中已测出SARS-CoV-2抗体，这意味着SARS-CoV-2在意大利的传播时间可能要追溯至2019年夏季[145]。
2021年1月7日，一项米兰大学科学家小组发布在《英国皮肤病学杂志》的研究显示，2019年的11月10日对意大利北部城市的一名女性皮肤进行的取样，发现带有由SARS-CoV-2引起的病变与抗体，推测可能感染了COVID-19病毒，研究人员认为这可能是意大利的0号病人。[146]
2020年11月23日，世卫组织卫生紧急项目负责人迈克尔·瑞安表示，SARS-CoV-2有可能很早就在世界不同的地点和时间传播[147]，只是该病毒在武汉华南海鲜市场最先被发现[148]。而同月亚历山大·凯库勒（英语：Alexander Kekulé）在德国电视二台的节目中表示，SARS-CoV-2最初是来自中国，传播到意大利后发生变异。当前在世界传播的SARS-CoV-2大部分为其意大利变异体[50]。